İslamiyet'in 639 yılında Cizre'ye yerleşmesiyle, eskiden, bir kilise oldugu söylenen Cizre Ulu Camii, hangi yılda camiye çevirildiği kesin olarak bilinmemektedir. İlk yillarda çevrilmesi muhtemeldir. Çünkü Abbasiler döneminde Bekâka da vali iken Cizre'ye atanan Ömer Bin Abdülaziz bu camiyi yıktırıp yeniden onardığını kayıtlar söylemektedir. Ömer Bin Abdülaziz Cizre'de bir çok imar hareketlerinde bulunmuş etrafta köprüler, hanlar, hamamlar yaptırmıştır. Ayrıca Cizre Şatosunu da yıktırıp yeniden onarmistir.

Daha sonra H.555 (M.1160-1161) yılında Cizre Zengi Atabeyi Ebu-l KasIm Mahmut Şencersah, Ulu Cami yi yıktırıp yeniden onarmıştır.

Ulu cami kapısı tarihi yönden paha biçilmez bir değere sahiptir. O sene İstanbul'da

açılmış olan Türk-İslam Selçuklu Mimari ve el sanatları teşhir etme sergisini kapı kanatları, Mardin Müze Müdürlüğünce 4.6.1982 gün ve 395/143 sayılı resmi yazılarıyla istenmistir. Cizre Müftülügü de, 10.6.1982 günü kapiyi İstanbul'a sergiye göndermek üzere vermistir. 1984 yılında ilgililer her ne kadar kapının Cizre'ye iade edileceğini söylemiş olsalarda, bir daha kapı Cizre'ye gönderilmemiştir.

Cizre Ulu cami kapısında, Cizre'li büyük Fen ve Otomat, Silbernitik ilim adamı Ebul'iz İsmail Bin Razzaz El-Cezeri'nin (1153-1233) yapmış olduğu ejderli, aslanlı, kartallı tunç tokmakları bulunur. Merhum Ebuliz El-Cezeri'nin eseri olan "El Cami'u Beyn-el İlmi ve Amel, En Nafi'u Fis-Sanaati-l Hiyel" adlı kitabında bu ejderli tokmakların minyatür ve kompozisyonları simdi de durmaktadır. Cizre Ulu Caminin her iki kapısında karşılıklı olarak duran iki ejder ve ortalarinda aslan başı kompozisyonu yer alirdi. Dünyada bati Berlin Devlet Müzesinde 1.2242 numara ile kayitli, Cizre tokmalarına eş denecek kadar bir benzeri bulunmaktadir.

Maalesef 1969 yılı aralık ayında, Cizre Ulu Camiine giren gizli ve hain eller, bir kapıdaki yilan ejderhayı keserlerken, aslan başı kapıda kalmış, diğeri kırılmıştır. Sonradan yurtdışına kaçırılmıştır. Müftümüz bir Ankara gezisinde Anadolu Selçuklu Mimarisinde El Sanatlari adli bir kitapta bunun Kopenhag'a Kaçırılmış olduğunu okuyunca duymustuk. Danimarka Kopenhag David Koleksiyonuna bu satılmıştır. Koleksiyon numarasi 38/1973'tür. Diğer kapının üzerinde kalan tokmağın aynı akibete uğramaması için, Cizre Kaymakamlığı ve Müftülügü kararı ile yerinden çikarılmış ve önce Mardin'e Müze'ye, ordan da İstanbul Türk Ve İslam Eserleri Müzesine nakledilmiştir. Aslan başının envanter numarasi 3750, tokmağın ise 3749'dur. Ulu Cami kapısının kenar ve üst bölümü mermerden yapılmıştır.

Cami içerisinde bulunan iç kapılarda da İhlas Muavizeteyn sureleri de güzel bir yazı ile yazılmışlardır. Ayrıca bu kapılarda güzel dualarda yer alır.